中国語による課程：
厦門大学の博士課程の大半は中国語による授業で，現在187の専攻で博士課程を設置している。詳細な情報は外国人留学生募集サイト（http://admissions.xmu.edu.cn）の「専門課程」を参照のこと。
| 研究科 | 専攻 |
|---|---|
| 人文学研究科 | マルクス主義哲学，中国哲学，外国哲学，論理学，倫理学，宗教学，科学技術哲学，国学，人類学，民族学，文芸学，言語学・応用言語学，中国語文字学，中国古代文学，中国現代文学，比較文学・世界文学，考古学，中国史，世界史，演劇・映画学 |
| 海外教育研究科 | 中国語教育学 |
| 法学研究科 | 法学理論，法律史，憲法・行政法，刑法，民商法，訴訟法，経済法，国際法 |
| 知的財産研究院 | 知的財産管理，知的財産法 |
| 南海研究院 | 国際法 |
| 経営学研究科 | 経営工学，会計学，企業経営論，観光経営論，技術経済経営，財務学，マーケティング論 |
| 財務会計研究院 | 会計学，財務学 |
| 南洋研究院 | 世界経済論，政治学理論，国際関係学，世界史 |
| 教育研究院 | 教育史，比較教育学，高等教育学，教育論，教育経済・経営 |
| 台湾研究院 | 地域経済学，政治学理論，中国現代文学 |
| 経済学研究科 | 政治経済学，経済思想史，西洋経済学，世界経済，国際経済学，国民経済学，地域経済学，財政学，金融学，産業経済学，国際貿易学，労働経済学，数量経済学，金融工学，エネルギー経済学，国際金融学，資産評価，保険学，統計学 |
| 王亜南経済研究院 | 西洋経済学，地域経済学，金融学，労働経済学，数量経済学，統計学 |
| ジャーナリズム・コミュニケーション学研究科 | 新聞学，コミュニケーション学，広告学 |
| 外国言語文化研究科 | 英語・英文学，日本語・日本文学，外国語・応用言語学 |
| 公共事務研究科 | 政治学理論，社会学，行政管理，社会医学・医療事業管理，社会保障 |
| 公共政策研究院 | 人口・資源・環境経済学，公共政策 |
| 生命科学研究科 | 植物学，動物学，水生生物学，微生物学，遺伝学，細胞生物学，生物化学・分子生物学 |
| 化学工学研究科 | 無機化学，分析化学，有機化学，物理化学，高分子物理化学，ナノ材料学，化学生物学，化学工学，化学工芸，生物化学工学，応用化学，工業触媒 |
| 情報科学技術研究科 | 電子科学技術，通信情報システム，信号情報処理，制御理論工学，システム工学，計算機科学技術，知能科学技術 |
| 数学科学研究科 | 基礎数学，計算数学，確率論・数理統計，応用数学 |
| 材料工学研究科 | 高分子物理化学，材料物理化学，材料工学，ソフト物性・機能材料 |
| 物理機電工学研究科 | 理論物理，物性物理，光学，放射物理，生物物理・ソフト物性，機械製造自動化，機械電子工学，機械設計理論，車両工学，精密機器機械，検知技術機器，物理電子工学，マイクロ電子工学・ソリッドステート，電磁場・マイクロ波技術，太陽光学 |
| 薩本棟マイクロナノ科学技術研究院 | 計測技術・機器，マイクロ電子工学・ソリッドステート，太陽光学，エネルギー化学工学 |
| 電磁音響学研究院 | 放射物理，物理電子学，電磁場・マイクロ波技術 |
| エネルギー研究院 | エネルギー経済学，核材料工学，エネルギー効率工学，エネルギー化学工学 |
| 海洋地球学研究科 | 物理海洋学，海洋科学，海洋生物学，海洋地質，海洋物理，海洋生物技術 |
| 環境生態学研究科 | 生態学，環境科学，環境工学，環境管理 |
| 海洋海岸帯発展研究院 | 海洋事業 |
| 医学研究科 | 生理学 |
| 公衆衛生学研究科 | 生物化学・分子生物学 |
| 薬学研究科 | 化学生物学 |
英語による課程：
厦門大学は一流の教授陣を有し，多くの教授が海外で博士号を取得しており，英語による研究指導が可能である。現在， 60余の博士課程において英語による授業や研究指導が可能である。
| 研究科 | 専攻 |
|---|---|
| 人文学研究科 | 中国哲学，考古学，中国史，世界史，人類学 |
| 経営学研究科 | 会計学，財務学，企業経営，技術経済経営，経営工学，マーケティング論 |
| 経済学研究科 | 統計学，世界経済，国際貿易，エネルギー経済学 |
| 王亜南経済研究院 | 西洋経済学，金融学，数量経済学，統計学，労働経済学，地域経済学 |
| 法学研究科 | 国際法 |
| 知的財産研究院 | 知的財産法 |
| 外国言語文化研究科 | 英語学・英文学 |
| 物理機電工学研究科 | 機械電子工学，物性物理，放射物理，電磁場・マイクロ波技術 |
| 数学科学研究科 | 基礎数学，計算数学，確率論・数理統計 |
| 情報科学技術研究科 | 計算機科学技術，情報通信工学 |
| 化学工学研究科 | 化学工学，化学工芸，生物化学，工業触媒，応用化学，分析化学，有機化学，物理化学，高分子物理化学 |
| 材料工学研究科 | 材料物理化学 |
| 生命科学研究科 | 動物学，生物化学・分子生物学，水生生物学，細胞生物学，遺伝学 |
| 海洋地球学研究科 | 物理海洋学，海洋生物学，海洋化学，海洋物理，海洋地質学，海洋帯総合管理，海洋生物技術 |
| 環境生態学研究科 | 環境科学，環境工学，生態学，環境管理 |
| 海洋海岸帯発展研究院 | 海洋事業 |
| 国際関係学研究科南洋研究院 | 世界経済，政治学理論，中国史 |
| 教育研究院 | 高等教育学，教育経済管理 |
| 薬学研究科 | 化学生物学 |
| 財務会計研究院 | 会計学，財務学 |
英語による課程（博士課程）に関する最新情報は外国人留学生募集サイト（http://admissions.xmu.edu.cn）の「英語による課程」を参照のこと。
