中国語による課程：
厦門大学の修士課程の大半は中国語による授業で，現在262の専攻で修士課程を設置している。詳しくは本学の外国人留学生募集サイトの「専攻課程」（http://admissions.xmu.edu.cn）を参照のこと。
| 研究科 | 専攻 |
|---|---|
| 人文学研究科 | 比較文学・世界文学，中国語文字学，考古学，科学技術哲学，倫理学，論理学，マルクス主義哲学，民族学，人類学，世界史，外国哲学，文芸学，演劇・映画学，芸術学理論，言語学・応用言語学，中国古代文学，中国古典文献学，中国少数民族史，中国史，中国現代文学，中国哲学，宗教学，文物・博物館（専門職） |
| ジャーナリズム・コミュニケーション学研究科 | コミュニケーション学，広告学，新聞学，ジャーナリズム・コミュニケーション（専門職） |
| 外国言語文化研究科 | 英語・英文学，日本語・日本文学，ロシア語・ロシア文学，フランス語・フランス文学，外国語・応用言語学，英語翻訳（専門職），英語通訳（専門職），日本語翻訳（専門職），日本語通訳（専門職） |
| 経済学研究科 | 保険学，財政学，産業経済学，発展経済学，経営経済学，国際金融学，国際経済学，国際貿易学，国民経済学，金融工学，金融学，経済史，経済思想史，労働経済学，エネルギー経済学，地域経済学，人口・資源・環境経済学，世界経済，数量経済学，統計学，西洋経済学，政治経済学，保険（専門職），国際商務（専門職），金融（専門職），税務（専門職），応用統計（専門職），資産評価（専門職） |
| 王亜南経済研究院 | 金融学，労働経済学，地域経済学，数量経済学，統計学，西洋経済学，金融（専門職），応用統計（専門職） |
| 経営学研究科 | 財務学，経営工学，会計学，技術経済経営，企業経営，マーケティング論，経営工学（専門職），経営学（専門職），会計（専門職），観光経営（専門職），監査（専門職），ロジスティクス工学（専門職） |
| 財務会計研究院 | 財務学，会計学 |
| 法学研究科 | 法律史，法学理論，国際法，環境・資源保護法，経済法，民商法，訴訟法，憲法・行政法，刑法，法律［法学］（専門職），法律［非法学］（専門職） |
| 知的財産研究院 | 知的財産，法律［法学］（専門職） |
| 公共事務研究科 | 国際政治，行政管理，科学社会主義・国際共産主義運動，人口論，社会保障，社会学，公共経営（専門職），社会福祉（専門職） |
| 公共政策研究院 | 公共政策，人口論，資源・環境経済学，教育経営（専門職） |
| 芸術学研究科 | 美術学，デザイン学，音楽・舞踊論 |
| 海外教育研究科 | 中国語教育学，言語学・応用言語学，中国語国際教育（専門職） |
| 南洋研究院 | 国際関係，世界経済，中国史 |
| マルクス主義研究科 | 海外マルクス主義研究，マルクス主義発展史，マルクス主義基本原理，マルクス主義中国化研究，思想政治教育，中国共産党史，中国近現代史基本問題研究 |
| 台湾研究院 | 地域経済学，中国史，中国現代文学，中外政治制度 |
| 教育研究院 | 比較教育学，発達・教育心理学，高等教育学，国防教育学，教育経済・経営，教育史，カリキュラム・教授法 |
| 体育教育学研究科 | 民族伝統教育学，体育教育訓練 |
| 物理機電工学研究科 | 計測技術・機器，車両工学，電磁場・マイクロ波技術，電気検知技術・機器，飛行機設計，太陽光学，光学，航空宇宙推進理論工学，航空宇宙製造工学，機械電子工学，機械設計理論，機械製造・自動化，精密機器・機械，理論物理，物性物理，生物物理・ソフト物性，マイクロ電子工学・ソリッドステート，放射物理，物理電子工学，トランスレーショナル医療，電子通信工学（専門職），機械工学（専門職），精密機器工学（専門職） |
| 薩本棟マイクロナノ科学技術研究院 | 計測技術・機器，回路システム，太陽光学，エネルギー化学工学，生物医工学，マイクロ電子工学・ソリッドステート |
| 化学工学研究科 | 分析化学，高分子物理化学，工業触媒，化学工学，化学工芸，化学生物学，ナノ材料学，生物化学工学，無機化学，物理化学，応用化学，有機化学，化学工学（専門職） |
| 材料工学研究科 | 材料加工学，材料物理化学，材料学，高分子物理化学，固体力学，ソフト物性・機能材料，生物医工学，材料工学（専門職） |
| 生命科学研究科 | 動物学，発生生物学，生物化学・分子生物学，水生生物学，微生物学，細胞生物学，遺伝学，植物学，トランスレーショナル医療 |
| 海洋地球学研究科 | 海洋地質，海洋科学，海洋生物技術，海洋生物学，海洋物理，物理海洋学 |
| 環境生態学研究科 | 環境工学，環境管理，環境科学，生態学 |
| 海洋海岸帯発展研究院 | 海洋事業 |
| 数学科学研究科 | 確率論・数理統計学，基礎数学，計算数学，応用数学，オペレーションズリサーチ・制御理論 |
| 情報科学技術研究科 | ナビゲーション，誘導・制御機器，電磁場・マイクロ波技術，回路システム，光工学，検知技術・自動化機器，制御理論工学，パターン認識・知能システム，通信情報システム，マイクロ電子工学・固体電子工学，放射物理，物理電子工学，システム工学，信号情報処理，知能科学技術
電子通信工学（専門職），集積回路工学（専門職），計算機技術（専門職），制御工学（専門職） |
| ソフトウェア工学研究科 | 計算機科学技術，ソフトウェア工学，デジタルメディア技術 |
| 土木建築工学研究科 | 都市地域計画，防災・緩和工学，機械工学，建築技術科学，建築史理論，建築設計論，構造工学，流体力学，橋梁・トンネル工学，土質工学，一般力学・力学基礎，建築学（専門職），土木建築工学（専門職） |
| 医学研究科 | 病理学・病態生理学，小児科学，耳鼻咽喉科，産婦人科，産科，精神医学，リハビリテーション医学，臨床病態検査医学，麻酔学，免疫学，内科学，皮膚科・性病学，精神病理学，生理学，外科学，微生物学，眼科学，薬理学，医用画像処理・核医学，鍼灸あん摩学，中医婦人科学，中医内科学，腫瘍学，触媒医学 |
| 公衆衛生学研究科 | 社会医療・公衆医療管理，政治学理論，中外政治制度，児童健康・母子保健医学，労働衛生・環境衛生学，流行病・医療統計学，社会医学・医療事業管理，衛生毒理学，栄養・食品衛生学，触媒医学 |
| 薬学研究科 | 化学生物学，薬剤学，薬理学，薬物分析学，薬化学，触媒医学 |
| エネルギー研究院 | 太陽光学，核材料工学，エネルギー効率工学，エネルギー化学工学，材料工学（専門職） |
英語による課程：
国際化教育を推進するため，複数の国際修士プログラムを設置している。本プログラムは2年制で，全科目英語による授業，高度な専門知識と中国社会や文化に関する理解をも備えたハイレベルの国際的専門人材の育成を目指している。
| 研究科 | 国際修士プログラム | 学位 |
|---|---|---|
| 人文学研究科 | 中国哲学 | 文学・歴史学・哲学 |
| 法学研究科 | 民商法 | 法学 |
| 国際関係学研究科 | 国際関係 | 法学 |
| 経済学研究科 | 国際貿易学 | 経済学 |
| 経営研究科 | 経営学 | 経営学 |
| 海洋海岸帯発展研究院 | 海洋事業 | 理学 |
| 情報科学技術研究科 | 計算機科学技術 | 工学 |
| 化学工学研究科 | 化学工学 | 工学 |
| 化学工学研究科 | 物理化学 | 理学 |
| 王亜南経済研究院 | 金融学 | 経済学 |
| 金融工学 | ||
| 西洋経済学 | ||
| 数量経済学 | ||
| 経営経済学 | ||
| 財務会計研究院 | 財務学 | 経営学 |
| 会計学 |
詳細な情報は外国人留学生募集サイト（http://admission.xmu.edu.cn）の「英語による課程」を参照のこと。
